《女校通缉令》讲述了警局里有名的倒霉兄弟“鼠标”和“键盘”，总是功劳没份，投诉成堆，两个人彼此看不顺眼，一心想着能换掉这个倒霉的搭档。处长答应他们如果成功破获一次案子就考虑他们换搭档的请求，于是二人自告奋勇的来到一所贵族女校担任卧底去追查一起关于“面膜上瘾”的案件。在接头人Boos杨的支持下，两人虽然乌龙不断，但凭借女性装扮也得到不少便利，渐渐摸清线索，而与此同时，让两个倒霉兄弟惊讶的是，在这所学校内还隐藏了一起走私军火案，在卧底查案中，二人摒弃成见，开始认真追寻线索……
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